圣诞节临近，狮子亚历克斯（本·斯蒂勒BenStiller配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克ChrisRock配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默DavidSchwimmer配音）以及河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯JadaPinkettSmith配音）决定正式告别马达加斯加，回到久违的纽约共度佳节。冷冷清清的送别晚会没能熄灭它们归去的热情，好伙伴们燃起热气球正式出发，可是却被狐猴王朱利安当作红色妖盗击落下...

2012年，人类被不知名病毒感染，纽约成为一座空城。RobertNeville（WillSmith饰）是为军方服务的科学家，也是对病毒有免疫力的幸存者。白天，他带着狗Sam在街道上寻找食物，用广播寻找幸存者，在实验室里研究治愈病毒的方法；晚上，他只能躲在屋子里，因为那些感染病毒而没有死亡的人们，成为了“夜魔”只能夜晚出来活动，丧失理智，会攻击所有的人。某天，Sam也感染病毒死去，RobertNev...