或许过去，又或许未来，人类大规模向宇宙殖民。当人口膨胀到五千亿的时候，散落在宇宙各个角落的人类返回故土地球，却引发了伤亡惨重的归乡战争。为了保护地球这片圣地，人类制定了盖亚制裁，约定不许任何人染指这里。可是曾经作为联合舰队舰长的哈洛克（小栗旬 配音）却背叛盖亚制裁，驾驶着他的阿尔卡迪亚号高举叛旗，成为逃逸一百年之久的通缉犯。联合舰队长官伊索拉（森川智之 配音）指使自己的弟弟亚马（三浦春马 配音）混...

十年前，东京出现了一个不能解释的领域。从那片领域走出的人获得了一种特殊的超能力——可以随意夺取他们的性命。却如恶魔般从此失去了梦与心。那片神秘的区域被叫做地狱门，而那些因此获取超能力的人被叫做契约者。美国的CIA，英国的MI6，日本的警视厅统统对神秘的地狱门进行了调查研究，甚至那个庞大的神秘组织潘多拉也开展行动，妄图消灭契约者们。知道真相的契约者们则团结在一起进行对抗。而另一方面，有着“黑之死神”...

本作以武藤游戏所在的DM时代数十年后的童实野市为舞台。这个时代的童实野市被称为“新童实野市”，是一个根据身份高低分为上层地带和下层地带的阶级社会，骑乘着摩托型决斗盘“D轮”进行的“骑乘决斗（Riding Duel）”十分流行。在新童实野市的下层地带“卫星（Satellite）”中与同伴们一起生活的不动游星，被对手——骑乘决斗的王者杰克·阿特拉斯抢走了自己最重要的卡“星尘龙（Stardust Dra...

游星等人终于发现，原来幸运杯是葛德温为了集合龙印者，并使他们的力量觉醒所举办的。另一方面在卫星区，一群名为“暗印人”的决斗者已经蠢蠢欲动，这正与游星和杰克两人在进行决斗时所看到的蜘蛛印记有关。暗印人能够展开令决斗者受到真实伤害的“黑暗决斗”，以及使用名为“黑暗同調”的新战法召唤出独特的黑暗同調怪兽，而且可以使用特殊怪兽“地缚神”。游星以建造连接卫星区和都市区的代达洛斯桥为条件，与其他龙印者一同前往...

与暗印人的战斗过了半年，连接卫星区和都市区的桥梁“代达洛斯桥”完成，彼此之间的界线终于消失了。全市建造了大量专为骑乘决斗而设的高速公路，并开发了“激速世界2”以取代以前的“激速世界”。然而，新的威胁已悄然来临，来自未来并持有强力怪兽·机皇帝的“伊利亚斯特尔”，企图毁灭新童实野市并改变历史。为了阻止他们，游星等人组成5D's队参加WRGP（世界骑乘决斗大赛）。WRGP以三人团体战进行决斗，讲...

在WRGP大赛中打败了新世界队的5D's队，原以为可以阻止圣柜摇篮的坠落，没想到历史出现变动，造成了圣柜摇篮在现实中出现并且下坠，游星等人决定前往阻止Z-ONE等人毁灭新童实野市的计划。在决斗中，乌鸦与秋成功拯救了被过去束缚的雪莉；为了守护同伴而赌上性命的龙亚作为最后一位龙印者觉醒，召唤出了生命洪流龙，也让阿波利亚找到了希望。与此同时，布鲁诺为了教导游星如何击败Z-ONE，与游星展开了骑乘...

中世纪，炼金术士们以巨大的代价从恶魔的手中得到了传说中的永生之酒，凡是喝下永生之酒的人们，正如它的名字那样，将会得到永远不会死亡的肉体。永生之酒带来了希望，却也引发了空前绝后的灾难，因为私欲和利益，与此酒相关的人士一个接着一个失去了踪迹。随着禁酒令的颁布，永生之酒的下落逐渐成为了谜题，然而数年过后，有关它重出江湖的消息再次被传得沸沸扬扬，在纽约的黑道中激起了涟漪。身怀绝技的少年洛菲（吉野裕行 配音...

因为感觉到自己欠缺了某种制胜的关键因素，“不幸的天才击球手”儿岛弘道，与教练木野崎、投手中根一起，前往冲绳进行特训，在那里他们碰见了了号称赌博棒球从无败迹的谜样的男人——渡久地东亚。对于东亚的赌球行为深感愤慨的儿岛，提出与东亚进行一场名为"ONE OUTS"比赛——即击球手与投球手的双人对决。结果，身为天才职业击球手的儿岛，竟然惨败给了只有“三流投手”水平的东亚，同时他也深深领...

自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。到了...

很久以前，在维多利亚岛上有一棵维护世界和平和秩序的世界树，但是邪恶组织“扎塔团”打算据为己有，此时以人族为中心(阿鲁的父亲格兰迪)，以及其它4部族都站起来反抗。但是，扎塔团的猛烈进攻使得岛民们迎来了最大的危机。世界树为了保护身体而自己破裂，此刻放出了像凤仙花一样的种子。各族的部分居民从维多利亚岛移居到了枫之岛。但是，其他部族都怀疑世界树的破坏与人类有关，于是人族被赶走了。而且各部族之间的斗争也不断...